Modifying Neoantigen Prediction Pipelines for Mouse Models: Steps and Alternatives

какие пайплайны в свободном доступе для предсказания неоантигенных эпитопов имеются, где можно использовать мышиную модель? Мне известны готовые пайплайны, такие как pvactools, nextNEOpi и ScanNeo2. но можно ли их модифицировать для использования на мышиных моделях и референсах? И если да, как это сделать и есть ли альтернативы?

Да, вы правы, pvactools, nextNEOpi и ScanNeo2 являются популярными пайплайнами для предсказания неоантигенных эпитопов, но они в основном ориентированы на человече��кие данные. Однако, их можно модифицировать для использования ��а мышиных моде��ях и референсах. Вот несколько шагов и альтернатив, которые могу�� помочь вам в этом процессе:

Модификация существующих пайплайнов

1. pvactools:

   • pvactools использует различные предсказательные алгоритмы, такие как NetMHC, для предсказания связы��ания пептидов с MHC. Эти алгоритмы поддерживают мышиные аллели.
   • Вам нужно будет указать мышиные MHC аллели в конфигурации pvactools. Например, вместо человеческих HLA аллелей, укажите мышиные H-2 аллели.
   • Убедитесь, что используемые базы данных и референсы (��апример, геномные последовательности) соответствуют мышиным данным.

2. nextNEOpi:

   • nextNEOpi также ��спользует предсказательные алгоритмы, такие как NetMHCpan, которые поддерживают мышиные аллели.
   • Вам нужно будет изменить конфигурационн��е файлы, чтоб�� указать мышиные MHC аллели и использовать соответствующие мышиные референсы.

3. ScanNeo2:

   • ScanNeo2 может быт�� адаптирован для мышиных моделей путем изменени�� конфигурации для использования мышиных MHC аллелей и референсов.
   • Проверьте документацию и конфигурационные файлы, чтобы уб��диться, что все ссыл��и на человеческие данны�� заменены на мышиные.

Альтернативы

1. IEDB Analysis Resource:

   • IEDB предоставляет инст��ументы дл�� предсказани�� эпитопов, которые поддерживают различные виды, включая мышей.
   • Вы можете использовать их веб-интерфейс или API д��я предсказания связывания пептидов с мышиными MHC аллелями.

2. NetMHCpan:

   • NetMHCpan поддерживает предсказание связывания пептидов с MHC для различных видов, включая мышей.
   • Вы можете использовать NetMHCpan отдельно или интегрировать его в свои пайплайны.

3. MHCflurry:

   • MHCflurry также ��оддерживает предсказание связывания пептидов с MHC и может быть настроен для работы с мышиными аллелями.
   • Вы можете использовать MHCflurry как отдельный инструмент или интегрировать его в свои пайплайны.

Общие шаги для модификации п��йплайнов

1. Обновление конфигурации:

   • Измените конфигурационные файлы, чтобы указать мышиные MHC аллели.
   • Убедитесь, что все ссылки на человеческие данные заменены на соответствующие мышиные данные.

2. Использование мышиных референсов:

   • Загрузите и используйте мышиные референсные ген��мные последовательности и базы данных.

3. Тестирование и валидация:

   • Проведите тес��ирование и валидацию модифицированных пайплайнов на известных ��анных, чтобы убедиться в их корректной работе.

Заключени��

Модификация существующих пайплайнов для использован��я на мышиных моделях возможна и требует изменения конфигурации и использования соответствующих референсов. Альтернативные инструменты, такие как IEDB Analysis Resource, NetMHCpan и MHCflurry, также могут быть поле��ны для предсказания неоантигенных эпитопов в мышиных моделях.