Correcting Shell Script for Loop to Compress .vcf Files

что неправильно в for i in *.vcf; do bgzip i done

В вашей команде есть несколько ошибок:

1. Переменная i не подставляется в команду bgzip, потому что вы забыли знак $.
2. В команде bgzip нужно использовать переменную i с префиксом $, чтобы она подставлялась правильно.
3. Между bgzip и i не хватает точки с запятой ; или символа новой строки, чтобы завершить команду.

Правильная команда должна выглядеть так:

for i in *.vcf; do bgzip "$i"; done

Эта команда будет проходить по всем файлам с расширением .vcf в текущем каталоге и сжимать их с помощью `bg