Instructions for Modifying nextNEOpi Pipeline for Mouse Data

Answered using ChatGPT 4o by ChatGPT4o

Question:

у тебя есть информация, как модифицировать пайплайн https://github.com/icbi-lab/nextNEOpi для работы на мышах, а не людях, мне нужны конкретные инструкции

Answer:

Модификация пайплайна nextNEOpi для работы на мышах вместо людей требует нескольких шагов, включая адаптацию референсных данных, аннотаций и, возможно, некоторых параметров анализа. Вот конкретные инструкции, которые могут помочь вам в этом процес��е:

  1. Клонирование репозитория:

    git clone https://github.com/icbi-lab/nextNEOpi.git
cd nextNEOpi

  2. Установка зависимостей: Убедитесь, что все зависимости у��тановлены. Следуйте инструкциям в README.md для установки необходимы�� пакетов и инструме��тов.

  3. Загрузка референсного генома мыши: Загрузите референсный геном мыши (например, GRCm38 или GRCm39) и соответс��вующие файлы аннотаций (GTF/GFF).

    wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-104/fasta/mus_musculus/dna/Mus_musculus.GRCm39.dna.primary_assembly.fa.gz
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-104/gtf/mus_musculus/Mus_musculus.GRCm39.104.gtf.gz

  4. Создание индекса для референсного генома: Используйте STAR или другой инструмент для со��дания индекса референсного г��нома.

    STAR --runThreadN 4 --runMode genomeGenerate --genomeDir /path/to/genomeDir --genomeFastaFiles Mus_musculus.GRCm39.dna.primary_assembly.fa --sjdbGTFfile Mus_musculus.GRCm39.104.gtf

  5. Адаптация конфигурационных файлов: Обновите конфигурационные файлы пайплайна, чтоб�� они указывали на референсн��й геном мыши и со��тветствующие аннотации. Например, в файле config.yaml:

    reference_genome: "/path/to/Mus_musculus.GRCm39.dna.primary_assembly.fa"
annotation_file: "/path/to/Mus_musculus.GRCm39.104.gtf"

  6. Обновлен��е скриптов и параметров: Проверьте скрипты пайплайна на наличие ��араметров, специфичных для человека, и замените их на соответствующие параметры для мыши. Это может включать обновление баз данных, таких как COSMIC, dbSNP и других, если они используются в пайплайне.

  7. Проверка и тестирование: Запустите пайплайн на тестовых данных мыши, чтобы убедиться, что все работает корректно. Внесите необходимые испр��вления в случае возникновения ошибок.

  8. Документация и комментарии: Обновите документаци�� и комментарии в ко��е, чтобы отразить изменени��, сделанные для работы с данными мыши.

Пример команды для запуска пайплайна с новыми параметрами:

snakemake --configfile config.yaml --cores 4

Эти ш��ги должны помочь вам адаптироват�� пайплайн nextNEOpi для работы с данными мыши. Убедитесь, что вы тщательно проверяете каждый этап и тестируете пайплайн на небольших наборах данных пере�� использованием на больших объемах данных.