Archiving and Indexing VCF Files in a Folder Using Bash Script

как заахривировать все файлы в папке вида S11162Nr7_mutect_vaf.vcf и затем проиндексировать tabix с помощью for

Для архивации всех файлов в папке, соответс��вующих шаблону S11162Nr7_mutect_vaf.vcf, и последующей и��дексации с помощью tabix, можно использовать команду for в оболочке Unix (например, bash). Вот пример скрипта, который выполнит эти действи��:

#!/bin/bash

# Путь к папке с файлам��
folder_path="/path/to/your/folder"

# Перейти в указанную папку
cd "$folder_path" || exit

# Архивировать и проиндексировать файлы
for file in S11162Nr7_mutect_vaf.vcf; do
    # Проверка, существует ли файл
    if [ -f "$file" ]; then
        # Архивировать файл с помощью bgzip
        bgzip "$file"
        
        # Проиндексировать �� помощью tabix
        tabix -p vcf "${file}.gz"
    else
        echo "Файл $file не найден."
    fi
done

Объяснени��:

1. folder_path="/path/to/your/folder": Укажите путь к папке, где находятся ваши файлы.
2. cd "$folder_path" || exit: Перейдите в указанную папку. Если папка не существует, скрипт завершится.
3. for file in S11162Nr7_mutect_vaf.vcf; do: Цикл for для вс��х файлов, соответствующих шаблону S11162Nr7_mutect_vaf.vcf.
4. if [ -f "$file" ]; then: Проверка, существует ли файл.
5. bgzip "$file": Архивирование файла с помощью bgzip.
6. tabix -p vcf "${file}.gz": Индексация с помощью tabix для формата VCF.
7. else echo "Файл $file не найден.": Сообщение, если файл не найден.

Убедитесь, что у вас установлены утилиты bgzip и tabix, которые обычно входят в состав пакета htslib. Вы може��е установит�� их с помощью пакетного менеджера ваш��й системы, на��ример, apt для Ubuntu:

sudo apt-get install tabix

Или с помощью conda:

conda install -c bioconda htslib