Parallelizing Mutect2 on a Local Machine Using GNU Parallel

как параллезиовать mutect2 на локальной машине используюя parallel

Mutect2 — это инструмент для обнаружения соматических мутаций в данных секвенирования следующего поколения (NGS), который является частью пакета GATK (Genome Analysis Toolkit). Параллелизация Mutect2 на локальной машине может значительно ускорить процесс анализа, особенно при работе с большими наборами данных.

Для параллелизации Mutect2 можно использовать утилиту parallel, которая позволяет запускать несколько команд одновременно. Вот пример того, как это можно сделать:

1. Установите GNU Parallel: Если у вас еще не установлен parallel, вы можете установить его с помощью пакетного менеджера вашей операционной системы. Например, на Ubuntu это можно сделать так:

   sudo apt-get install parallel
   

2. Подготовьте список команд для параллелизации: Создайте файл, содержащий команды для запуска Mutect2. Например, если у вас есть несколько BAM-файлов, которые вы хотите обработать, создайте файл commands.txt со следующим содержимым:

   gatk Mutect2 -R reference.fasta -I sample1.bam -O output1.vcf
   gatk Mutect2 -R reference.fasta -I sample2.bam -O output2.vcf
   gatk Mutect2 -R reference.fasta -I sample3.bam -O output3.vcf
   ...
   

3. Запустите параллелизацию с помощью parallel: Используйте команду parallel для запуска команд из файла commands.txt:

   parallel < commands.txt
   

   По умолчанию parallel будет использовать все доступные ядра процессора. Если вы хотите ограничить количество используемых ядер, вы можете использовать опцию -j. Например, чтобы использовать только 4 ядра:

   parallel -j 4 < commands.txt
   

Вот пример полного рабочего процесса:

# Установите GNU Parallel, если он еще не установлен
sudo apt-get install parallel

# Создайте файл commands.txt с командами для Mutect2
echo "gatk Mutect2 -R reference.fasta -I sample1.bam -O output1.vcf" > commands.txt
echo "gatk Mutect2 -R reference.fasta -I sample2.bam -O output2.vcf" >> commands.txt
echo "gatk Mutect2 -R reference.fasta -I sample3.bam -O output3.vcf" >> commands.txt
# Добавьте остальные команды по аналогии

# Запустите параллелизацию
parallel -j 4 < commands.txt

Этот подход позволяет эффективно использовать ресурсы вашей локальной машины и значительно ускорить процесс анализа данных с помощью Mutect2.